Pen Bron est successivement une abbaye de moines exploitants de salines, une conserverie de sardines à l'huile avant de devenir le "vaisseau hôpital", créé, en 1887, par Hippolyte Pallu, inspecteur des enfants assistés ; Il est alors aidé par les Sœurs de la Charité de Saint-Vincent-de-Paul. La construction de ce sanatorium est reconnu d'utilité publique, entre 1894 et 1910 sur les plans de l'architecte Georges Lafont.
L’œuvre de Pen Bron commence en 1887 pour s'achever en 2017, l'histoire contemporaine, sanitaire et sociale ont marqué l'âme et le devenir de ce lieu si cher au cœur des presqu'iliens.
Au début de la Seconde Guerre mondiale, Pen Bron accueille des enfants allongés de Berck, ils sont alors 120, ce qui porte l'effectif du sanatorium à 525 enfants. mais également des réfugiés parisiens, des Polonais en fuite qui se cachent alors dans les bois de Pen Bron, dès lors appelés les bois des Polonais.
En juin 1940, les Allemands réquisitionnent le sanatorium ; Ils l'occupent partiellement au cours de l'année 1941, un corps de garde formé de huit soldats allemands occupe l'école ménagère. Il est à déplorer, cette même année, le décès de trois médecins dont le le docteur Kerguistel, et un administrateur, M. Gaudin. Un conseil de direction est créé, ce dernier envisage l'évacuation du sanatorium.
Les Allemands commence la fortification de la presqu'île en 1942, Pen Bron voit plusieurs cantonnements de troupes allemandes entrainant des dégradations sur le site.
Le préfet réquisitionne le sanatorium ce qui permet de l'exempter de toute occupation militaire durable et le 15 avril 1942, sur son ordre, les activités médicales du centre sont transférées au château du Coteau à Varades.
Le repli sur Varades est organisé par petits convois : fin avril, les 128 malades couchés sont transportés dans des véhicules des Ponts et Chaussées jusqu'à la gare de la Baule, des fourgons sont fournis par la SNCF. De mai à Juillet on évacue à nouveau 142 enfants, et dans le même temps 185 enfants dont les 50 de la Pouponnière sont repris par les collectivités et les familles. Le déménagement du matériel, ainsi que l'appareillage médical et chirurgical, est considérable.
Seuls, quelques employés, filles de salle, employés de chaufferie et les marins de la vedette, restent ainsi que 3 sœurs, filles de la Charité de Saint Vincent de Paul, les sœurs Cécile, Mathilde et Pauline.
Le sanatorium voit bientôt l'arrivée de travailleurs français ainsi que d'autres pays annexés, tous encadrés par l'organisation Todt qui participe à la construction du Mur de l’Atlantique. Pen Bron est fortifié et compte 23 ouvrages de défenses divers, dont subsistent aujourd’hui plusieurs vestiges.
Il est à noter que Soeur Letourneau, supérieure de Pen Bron de 1936 à 1963, effectue plusieurs voyages, malgré le danger, entre Varades et Pen Bron, elle empêche ainsi la construction d'une casemate prévue alors dans son potager.
En 1944, la France est libérée, mais la Poche de Saint Nazaire retient encore Pen Bron et le Croisic. Le 31 mai 1944 ordre est donné de l'évacuation totale du sanatorium. Les Sœurs prennent le bateau pour Le Croisic, elles y demeurent jusqu'à la Libération.
Le retour à Pen bron
D'énormes travaux et réparations attendent le conseil de direction. Le mobilier, le linge ont disparu, les installations électriques sont hors d'usage, les vedettes inutilisables. Les difficultés, notamment financières, sont considérables.
Mais... en juillet 1946, Sœur Letourneau reçoit un courrier annonçant que Charles Ernest Panckoucke, héritier d'une famille d'éditeurs parisiens, lègue sa fortune à l’œuvre de Pen Bron.
Grace à ce leg et aux premiers dommages de guerre versés, les travaux sont lancés. Les enfants reviennent à Pen Bron, entre septembre 1946 et mai 1947, mois du retour des allongés.